Axundov Şuşada bəy ailəsində dünyaya gəlib və 1894-cü ildə Qori Müəllimlər Seminariyasını bitirib. Ömrünün axırınadək tədris və jurnalistika ilə məşğul olub. O, 1906-cı ildə işıq üzü görən və "İkinci il" adlanan Azərbaycan dili dərsliyinin müəllifidir. Sovet İttifaqının yaranmasından sonra qısa müddət ərzində Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətinin təhsil naziri vəzifəzində çalışıb. İlk bədii əsərini - "Tamahkar"ı 1899-cu ildə qələmə alıb. 1912–1913-cü illərdə Süleyman Sani Axundov beş hissədən ibarət "Qorxulu nağıllar" kitabını yazıb. Kasıbçılıqdan və haqsızlıqlardan bəhs etdiyinə görə bu nağıllar Sovet zamanı uşaq ədəbiyyatı aləmində böyük şöhrət qazanıb. 1920-ci ildən sonra yazılan əsərlərdə, Axundov qəddarlığı, köhnə mühafizəkar ənənələri və geriliyi tənqid atəşinə tutmağa davam edib.
S.S.Axundov 1939-cu ildə Bakıda vəfat edib.